Большим событием для Свято-Троицкого Ново-Голутвина монастыря стало второе посещение обители Святейшим Патриархом Алексием II. Оно состоялось 29 августа 1999 г. в связи с празднованием 200-летия основания монастыря и 10-летия возобновления монашеской жизни. Первосвятитель посетил все три храма обители и ознакомился с экспозицией монастырского музея. Он побывал также в Медицинском центре, осмотрел все кабинеты, беседовал с врачами и сестрами. На праздничной трапезе в воссозданной одностолпной палате Святейший Владыка поздравил и наградил участвовавших в возрождении обители благотворителей и тружеников. На месте бывшего пустыря Святейший Патриарх Алексей II, митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий и мэр г. Коломны В.И.Шувалов посадили по яблоне, заложив тем самым монастырский сад, который уже приносит плоды. На молитвенную память Первосвятитель передал обители образ Знамения Пресвятой Богородицы с дарственной надписью.
В своем приветственном слове Святейший Патриарх Алексей II сказал:
«Десять лет в истории государства Российского, да и в жизни Церкви – срок небольшой. Но то, что сделано здесь, в обители, за 10 лет ее возрождения, трудно описать, необходимо увидеть. Именно с Ново-Голутвина монастыря началось возрождение церковной жизни на Коломенской земле. Очень многое сделано за это время и в налаживании монастырского хозяйства, и в области социального служения – служения тем, кто особенно нуждается в поддержке в наше непростое время: здесь проявляют заботу о детях, оставшихся без родителей. В монастыре дети находят и заботу, и попечение, но главное – находят любовь. Это залог того, что они вырастут достойными гражданами России. Послушания сестер керамической мастерской, создавших удивительные произведения прикладного искусства, никого не оставляют равнодушными. Божие благословение вам, матушка игумения, сестрам обители и всем жителям города Коломны».