Основание мужского монастыря
16 октября 1799 г. решением императора Павла I «в уважение древности» архиерейского дома и «для приличия самому сему древнему городу» предписывалось «в ведомство» Коломенскому Ново-Голутвину монастырю «отдать все находящиеся при том доме церкви и строения». Митрополит Московский и Коломенский Платон (Левшин) поспешил выполнить указ.
В 1800–1801 гг. в новую обитель переселились иноки Коломенского Старо-Голутвина в честь Богоявления Господня монастыря во главе с архимандритом Варлаамом (Главацким; † 1802). В память о Богоявленском Голутвине монастыре и по главному храму обитель стала именоваться Троицким Ново-Голутвиным монастырём. В архивных документах встречается и другое название: Коломенский мужской монастырь. Новому монастырю был присвоен 2-й класс, в обители могли проживать до 17 монашествующих. Настоятели имели сан архимандритов.
В сентябре 1803 г. владыка получил письмо от графа А. А. Аракчеева. По мнению графа, коломенский архиерейский дом удобен «для того, чтобы поместить в нём два эскадрона кирасир с лошадьми и со всеми принадлежностями». Митрополит Платон смог обоснованно отказать в передаче зданий, заключив письмо словами: «Я собственной своей выгоды никакой в том не нахожу, а яко недостойный пастырь того града, ревную об общем благе церкви и о чести града того». Аракчеев не стал настаивать, о чём 14 октября 1803 г. уведомил владыку.
В архиве Санкт-Петербурга сохранился план, составленный московским губернским архитектором И. А. Селиховым на предполагаемое размещение кирасир в бывшем архиерейском доме. Этот «План бывшему архиерейскому дому в городе Коломне с расположением на помещение двух эскадронов Екатеринославского кирасирского полку, полкового командира и унтер штаба» даёт представление об особенностях построек монастырского комплекса того времени. Например, у Троицкой церкви было два входа: с северного фасада примыкала каменная паперть с лестницей, ориентированной на восток, с западного фасада – паперть с кирпичным первым этажом и вторым из дерева. Деревянная галерея соединяла архиерейский дом с западною папертью. Вдоль семинарского корпуса со стороны двора была устроена также деревянная галерея с лестницей, поразившей воображение юного бурсака Гилярова: «Как это: налево ли пойдёшь, направо ли пойдёшь, всё придешь к одному?».